Balai Pengelola Transportasi Darat Kelas II D.I.Yogyakarta dipimpin oleh seorang Kepala Balai, memiliki tim kerja yang terdiri atas: Subbagian Tata Usaha; Seksi Prasarana Jalan, Sungai, Danau, dan Penyeberangan; Seksi Sarana dan Angkutan Jalan, Sungai, Danau, dan Penyeberangan; Seksi Lalu Lintas Jalan, Sungai, Danau, dan Penyeberangan, dan Pengawasan; dan Kelompok Jabatan Fungsional.

Pembagian Tugas

Subbagian Tata Usaha mempunyai tugas melaksanakan penyusunan rencana, program, anggaran, dan laporan evaluasi kinerja, pengelolaan urusan keuangan dan Penerimaan Negara Bukan Pajak, serta pelaporan Sistem Akuntansi Instansi, urusan sumber daya manusia, hukum, hubungan masyarakat, persuratan, kearsipan dan dokumentasi, pelayanan informasi publik, perlengkapan, rumah tangga, serta evaluasi dan pelaporan.

Seksi Prasarana Jalan, Sungai, Danau, dan Penyeberangan mempunyai tugas melaksanakan pembangunan, pengembangan, pelayanan jasa, dan pengoperasian terminal tipe A, terminal barang untuk umum, dan unit pelaksana penimbangan kendaraan bermotor, pelabuhan sungai, danau, dan penyeberangan, serta bantuan teknis fasilitas pendukung dan integrasi moda dan pelabuhan sungai, danau, dan penyeberangan.

Seksi Sarana dan Angkutan Jalan, Sungai, Danau, dan Penyeberangan mempunyai tugas melaksanakan kalibrasi peralatan pengujian berkala dan pemeriksaan kesesuaian fisik rancang bangun kendaraan bermotor, pemeriksaan dan sertifikasi kelaiklautan kapal, analisis trayek angkutan jalan antar kota antar provinsi dan angkutan jalan yang disubsidi oleh pemerintah pusat, penetapan jadwal operasi, pemberian subsidi angkutan jalan dan pelayaran perintis sungai, danau, dan penyeberangan, serta bantuan teknis penyediaan sarana jalan, sungai, danau, dan penyeberangan.

Seksi Lalu Lintas Jalan, Sungai, Danau, Penyeberangan, dan Pengawasan mempunyai tugas melaksanakan manajemen dan rekayasa lalu lintas jalan untuk jaringan jalan nasional, penyediaan, pengoperasian, dan pemeliharaan perlengkapan jalan, rambu sungai dan danau, sarana bantu navigasi pelayaran, dan system informasi manajemen lalu lintas sungai, danau, dan penyeberangan, pengerukan dan reklamasi di kolam pelabuhan penyeberangan dan alur sungai dan danau, pemberian rekomendasi laik fungsi jalan nasional non-tol, pemberian bantuan teknis perlengkapan jalan, halte, dan rambu sungai danau, pengamatan dan pemantauan perusahaan angkutan jalan, kegiatan karoseri, penyelenggara pengujian berkala kendaraan bermotor, pelabuhan dan penyelenggara pelabuhan sungai, danau, dan penyeberangan komersil, operator kapal sungai, danau, dan penyeberangan, kendaraan bermotor di jalan, tarif angkutan jalan, sungai, danau, dan penyeberangan, pemberian subsidi angkutan jalan, pelaksanaan manajemen dan rekayasa lalu lintas, pemenuhan perlengkapan jalan, persetujuan teknis analisis dampak lalu lintas, pemeriksaan persyaratan teknis kendaraan, pemenuhan kelaiklautan kapal sungai, danau, dan penyeberangan, ketepatan waktu pelayanan, dan pemberian subsidi angkutan sungai, danau, dan penyeberangan, sarana bantu navigasi pelayaran sungai, danau, dan penyeberangan, rambu, alur, dan halte Sungai danau, kegiatan pengerukan dan reklamasi di kolam pelabuhan penyeberangan dan alur sungai danau, dan pemanfaatan bantuan teknis, pelaksanaan kegiatan kesyahbandaran pada pelabuhan sungai, danau, dan penyeberangan, penegakan hukum terhadap pelanggaran peraturan perundang-undangan di bidang lalu lintas dan angkutan jalan, sungai, danau, dan penyeberangan, serta patroli dan pengamanan pelayaran sungai, danau, dan penyeberangan.